Удивительное рядом:
db.delete(Score.all())
исполняется на полторы секунды ДОЛЬШЕ чем лобовой способ:
for score in Score.all():
score.delete()
На датасете из 1000 элементов в локальном варианте GAE. Я бы подумал, что это флюктуация, но результат воспроизводится с завидным постоянством.